بحمد اللہ ”نظام المدارِس پاکستان“ عصرِ حاضر کے عظیم نابغہ و عبقری محقق، مفسّر، محدّث، ماہرِتعلیم اور اِدارہ منہاج القرآن کے بانی و سرپرستِ اَعلیٰ شیخ الاسلام ڈاکٹر محمد طاہرالقادری مدّظلہ العالی کی علمی و فکری اور نظریاتی راہ نُمائی میں قائم کیا گیا ہے۔ آپ نےاپنی تجدیدی و اِجتہادی، دینی دانش و بصیرت کو عملی جامہ پہنانے اور علوم عصریہ و شرعیہ کو یکجا کرنے کے لیے 1986ء میں علوم و فنون کے ثقافتی مرکز لاہور میں ”جامعہ اِسلامیہ منہاج القرآن“ کی بنیاد رکھی، جسے یونی ورسٹی گرانٹس کمیشن (UGC) آف پاکستان نے مراسلہ نمبری 10–2/Acad/92 مجریہ بتاریخ 28 اپریل 1992ء کے تحت ایم۔ اے عربی اور علومِ اِسلامیہ (MA Arabic and Islamic Studies) کے مساوی الشهادة العالمية في العلوم العربية والإسلامية کی ڈگری جاری کرنے کا باقاعدہ اِختیار دیا۔ بعد ازاں ہائر ایجوکیشن کمیشن (HEC) اِسلام آباد نے مراسلہ نمبری 8–16/HEC/A&A/2003/415 مجریہ بتاریخ 8 اپریل 2003ء کے تحت اِس کی توثیق کرتے ہوئے اسے برقرار رکھا۔